Unit Kegiatan Mahasiswa dan Kelembagaan Mahasiswa
INSTIPER Yogyakarta mempunyai 14 Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) dan 13 Kelembagaan Mahasiswa tingkat Institut dan tingkat Fakultas.
Karena merupakan salah satu syarat dapat mengikuti Yudisium, maka semua mahasiswa INSTIPER wajib mengikuti atau bergabung dalam UKM dan Kelembagaan Mahasiswa.
UKM Resimen Mahasiswa Satuan 13
UKM Mapala Kapakata
UKM Olahraga
UKM KMSL Mangrove INSTIPER
UKM Taekwondo
UKM Metafisika
UKM KSR PMI Unit V INSTIPER
UKM Komunitas Hijau Daun
UKM Pramuka INSTIPER
UKM Koperasi Mahasiswa
UKM Unit Kegiatan Mahasiswa Islam Jama’ah Nurul Iman
UKM Kamadhis Obhasa Dhamma INSTIPER
UKM KMK St. Agustinus Katolik
UKM Unit Kerohanian Kristen Nehemia
Senat Mahasiswa INSTIPER (SMI)
Badan Eksekutif Mahasiswa INSTIPER (BEMI)
Senat Mahasiswa Fakultas Pertanian
Senat Mahasiswa Fakultas Teknologi Pertanian
Senat Mahasiswa Fakultas Kehutanan
Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas Pertanian
Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas Teknologi Pertanian
Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas Kehutanan
Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) Ikatan Mahasiswa Budidaya Pertanian
Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) Himpunan Mahasiswa Sosial Ekonomi Pertanian
Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) Himpunan Mahasiswa Teknik Pertanian
Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) Himpunan Mahasiswa Teknologi Hasil Pertanian
Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) Himpunan Mahasiswa Sylva