Magang merupakan salah satu bentuk kegiatan yang diinstruksikan pada kebijakan MBKM, dimana mahasiswa dapat melakukan pembelajaran di luar kampus untuk meningkatkan kapasitas dan kompetensi diri serta kemampuan komunikasi di dunia kerja. 
Kegiatan magang di perusahaan merupakan kegiatan akademik unggulan di INSTIPER Yogyakarta, dimana mahasiswa akan magang ke perusahaan, pusat riset, atau instansi pemerintah untuk mendapatkan pengalaman bekerja secara langsung. Melalui kegiatan magang, mahasiswa berkesempatan untuk mengaplikasikan teori yang diperoleh di kampus dengan disesuaikan dengan pekerjaan-pekerjaan di lokasinya magang.
Pada 1 Agustus sampai September 2022, INSTIPER mengirimkan mahasiswa ke berbagai lokasi magang secara berharap. Mahasiswa akan mengikuti kegiatan magang selama 3-6 bulan. Sebanyak 569 orang mahasiswa akan mengikuti magang di berbagai perusahaan. Dari 569 orang mahasiswa tersebut terdapat 27 orang mahasiswa yang lolos mengikuti magang merdeka atau magang MBKM di perusahaan PT. Bumitama Gunajaya Agro (PT. BGA) dan 12 orang mahasiswa lolos magang MBKM di perusahaan  PT. Karyamas. 
Tercatat ada 81 lokasi magang yang terdiri dari perusahaan swasta dan perusahaan BUMN, pusat riset yang tersebar di seluruh wilayah di Indonesia, yaitu di pulau Sumatera, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara dan Jawa. Beberapa perusahaan lokasi magang mahasiswa diantaranya adalah PT. BGA, Best Agro Group, Sinar Mas, Astra Agro Lestari, PT. London Sumatera, dan PTPN untuk bidang industri kelapa sawit. Sedangkan untuk lokasi magang untuk non-sawit seperti Kusuma Agrowisata Batu, Pusat Penelitian The dan Kina Gamboeng, PT. Eka Timur Raya, PT. Sinat Mayang Lestari, dan Rachmat Purnama Farm. Untuk mahasiswa Fakultas Kehutanan banyak melakukan magang di perusahaan hutan tanaman industri, taman nasional, dan berbagai instansi di Kementrian Kehutanan.
Lokasi magang mahasiswa yang berada di perusahaan perkebunan dan perhutanan biasanya berada di daerah  terpencil di berbagai pulau di Indonesia akan mendidik mental mahasiswa INSTIPER untuk siap bekerja dimanapun nantinya. Selama mengikuti magang, mahasiswa juga diminta melakukan tridharma perguruan tinggi berupa pengabdian kepada masyarakat. Pengabdian kepada masyarakat ini justru dapat menjangkau kawasan 3T (tertinggal, terpencil, terdepan) dari wilayah Indonesia. Melalui kegiatan pengabidan masyarakat tersebut mahasiswa diharapkan dapat bersosialisasi dengan masyarakat di sekitar lokasi magang.
Dr. Maria Ulfah, selaku Wakil Rektor I INSTIPER Yogyakarta menjelaskan, “Melalui kegiatan magang, mahasiwa akan mendapatkan hardskills (keterampilan, complex problem solving, analytical skills, dan sebagainya), maupun soft skills (etika profesi/kerja, komunikasi, kerjasama, dan sebagainya) serta pengalaman dan pengetahuan tentang dunia kerja sehingga nantinya setelah lulus, mahasiswa akan cepat beradaptasi”. 
Kegiatan magang mahasiswa di perusahaan sudah bertahun-tahun dilakukan oleh INSTIPER dengan bekerja sama dengan berbagai perusahaan dan instansi. Kegiatan magang di INSTIPER merupakan kegiatan yang terstruktur, dimana pihak kampus mendesain kegiatan-kegiatan yang harus dilakukan mahasiswa selama mengikuti kegiatan magang. Mahasiswa akan mendapatkan pengalaman untuk mempelajari proses bisnis dari hulu hingga hilir. Sebagai contoh, mahasiswa yang mengikuti magang di perusahaan kelapa sawit akan mendapatkan pengalaman dari proses pembibitan, pemeliharaan tanaman, panen, hingga pengolahan tandan buah segar di pabrik kelapa sawit hingga menghasilkan CPO.
Dr. Maria Ulfah menambahkan, “Pihak kampus INSTIPER telah mendesain kegiatan magang ini dengan sebaik-baiknya melalui manajemen magang Institut. Lokasi magang dapat diusulkan oleh mahasiswa atau melalui skema kerjasama magang antara INSTIPER dengan Perusahaan. Pengajuan perizinan, fasilitasi keberangkatan, monitoring dan kepulangan mahasiswa magang dikelola melalui manajemen magang Institut yang berkolaborasi dengan program studi dalam menyiapkan silabi kegiatan magang dan pembimbingan mahasiswa sesuai kompetesi program studi”.
Mahasiswa yang mengikuti magang akan mendapatkan fasilitas berupa fasilitas perjalanan ke lokasi magang berupa tiket pesawat atau diantar dari kampus ke lokasi magang, BPJSTK untuk antisipasi adanya kecelakaan kerja saat kegiatan magang, seragam serta atribut magang, dan buku panduan magang. 
“Semua fasilitas yang diterima mahasiswa magang itu sudah termasuk dalam biaya SPP yang mereka bayarkan, sehingga tidak ada pungutan tambahan untuk biaya pelaksanaan magang. Bahkan beberapa mahasiswa mendapatkan fasilitas uang saku dari perusahaan selama mereka mengikuti magang”, jelas Dr. Maria Ulfah.
Berbagai manfaat dari magang juga telah dirasakan oleh mahasiswa maupun lulusan INSTIPER Yogyakarta. Mahasiswa mendapatkan pengetahuan dari praktisi di perusahaan serta mendapat pengalaman bekerja di perusahaan. Beberapa dari mereka bahkan sudah diminta atau diterima kerja saat mereka magang. Hal inilah yang menjadikan INSTIPER Yogyakarta sebagai perguruan tinggi terdepan dan terpercaya di bidang perkebunan, perhutanan dan industri agrokompleks di Indonesia.