Magang merupakan salah satu bentuk kegiatan yang diinstruksikan pada kebijakan MBKM, dimana mahasiswa dapat melakukan pembelajaran di luar kampus untuk meningkatkan kapasitas dan kompetensi diri serta kemampuan komunikasi di dunia kerja. Kegiatan magang di perusahaan merupakan kegiatan akademik unggulan di INSTIPER Yogyakarta, dimana mahasiswa akan magang ke perusahaan, pusat riset, atau instansi pemerintah untuk mendapatkan pengalaman bekerja secara langsung. Melalui kegiatan magang, mahasiswa berkesempatan untuk mengaplikasikan teori yang diperoleh di kampus dan disesuaikan dengan pekerjaan-pekerjaan di lokasinya magang.
Melalui kegiatan magang, mahasiwa akan mendapatkan hardskills (keterampilan, complex problem solving, analytical skills, dan sebagainya), maupun soft skills (etika profesi/kerja, komunikasi, kerjasama, dan sebagainya) serta pengalaman dan pengetahuan tentang dunia kerja sehingga nantinya setelah lulus, mahasiswa akan cepat beradaptasi. 
Mulai tanggal 1 Agustus 2024, INSTIPER mengirimkan mahasiswa ke berbagai lokasi magang secara bertahap. Mahasiswa akan mengikuti kegiatan magang selama 2-6 bulan. Sebanyak 491 orang mahasiswa yang akan mengikuti kegiatan magang di berbagai industri di bidang perkebunan dan kehutanan. Fakultas Pertanian mengirimkan sebanyak 328 orang mahasiswa yang terdiri dari 253 orang mahasiswa Prodi Agroteknologi dan 75 orang mahasiswa Prodi Agribisnis. Fakultas Teknologi Pertanian mengirimkan sebanyak 102 orang mahasiswa yang terdiri dari 48 orang mahasiswa Prodi Tenologi Hasil Pertanian dan 54 orang mahasiswa Prodi Teknik Pertanian. Fakultas Kehutanan mengirimkan sebanyak 61 orang mahasiswa.
Pada Jumat (26/7) berlokasi di GRHA INSTIPER, Rektor INSTIPER Yogyakarta, Dr. Ir. Harsawardana, M.Eng. secara simbolis melepas 491 orang  yang akan melaksanakan magang di berbagai perusahaan industri perkebunan dan kehutanan. Jika dilihat dari komoditasnya, sebanyak 72,9% mahasiswa mengikuti magang di bidang industri kelapa sawit, 12,4% di bidang kehutanan, 9,9% di bidang hortikultura, dan sisanya magang di bidang dengan komoditas lainnya seperti gandum, teh, karet, tebu, dan tanaman penyegar.
Dalam sambutannya Rektor INSTIPER Yogyakarta menyampaikan, “Selamat melaksanakan kegiatan magang. Gunakan kesempatan ini untuk belajar secara langsung di dunia industri. Pihak kampus telah membekali teori dan praktek yang cukup untuk mahasiswa memasuki dunia kerja. Dunia industri telah banyak berubah dengan adanya digitalisasi, kampus juga sudah beradaptasi untuk mengurangi gap antara teori di perkuliahan dengan dunia kerja. Adanya kegiatan ko-kurikuler dapat menambah kemampuan mahasiswa di luar kegiatan intrakurikuler. Pada akhirnya tunjukkan kemampuan terbaik kalian dan selalu jaga nama baik kampus INSTIPER Yogyakarta”. 
Pada magang tahun 2024 terdapat beberapa durasi lama magang mahasiswa yang disesuaikan dengan lokasi magang. Sebanyak 11,2% mengikuti magang selama 6 bulan, 7,1% mengikuti magang selama 5 bulan, 27,4% mengikuti magang selama 4 bulan, 42,9 % mengikuti magang selama 3 bulan, dan 11,2 % mengikuti magang selama 2 bulan.
Dr. Maria Ulfah, selaku Wakil Rektor I Bidang Akademik sekaligus Ketua Panitia Magang tahun 2024 menyampaikan, “pembekalan magang ini diadakan untuk memberikan arahan-arahan mengenai materi kegiatan yang akan dilaksanakan selama magang, untuk menyatukan visi dan misi peserta magang sehingga magang tahun 2024 ini dapat berjalan lancar dan sesuai harapan”.
Kegiatan magang mahasiswa di perusahaan sudah bertahun-tahun dilakukan oleh INSTIPER, bekerja sama dengan berbagai perusahaan dan instansi. Kegiatan magang di INSTIPER merupakan kegiatan yang terstruktur, dimana pihak kampus mendesain kegiatan-kegiatan yang harus dilakukan mahasiswa selama mengikuti kegiatan magang. Mahasiswa akan mendapatkan pengalaman untuk mempelajari proses bisnis dari hulu hingga hilir. Sebagai contoh, mahasiswa yang mengikuti magang di perusahaan kelapa sawit akan mendapatkan pengalaman dari proses pembibitan, pemeliharaan tanaman, panen, hingga pengolahan tandan buah segar di pabrik kelapa sawit hingga menghasilkan CPO.
Dr. Maria Ulfah menambahkan, “Magang di INSTIPER ini terdiri dari beberapa skema yaitu program magang reguler mandiri, program magang MBKM, program magang MSIB. Saya berharap dengan magang ini, mahasiswa mendapatkan pengalaman kerja di dunia industri maupun dunia usaha sehingga nanti setelah lulus akan menjadi bekal bagi mahasiswa dan dapat langsung bekerja serta mampu menyesuaikan diri lebih cepat”.
Mahasiswa magang akan mendapatkan beberapa fasilitas berupa atribut magang, biaya transportasi ke lokasi magang, dan BPJS Tenaga Kerja. BPJS Tenaga Kerja yang diberikan kepada mahasiswa dapat dipakai selama periode magang mahasiswa. BPJS Tenaga Kerja tersebut mencover jaminan kecelakaan kerja dan jaminan kematian. Selain itu mahasiswa juga telah mendapatkan materi pembekalan yang disampaikan oleh dosen maupun praktisi.
Pada kegiatan pembekalan dan pelepasan mahasiswa magang mahasiswa tahun 2024 yang diselenggarakan pada (26/7), menghadirkan Bapak Mulyadi Direktur Plantation PT. First Resources yang merupakan alumni INSTIPER untuk memberikan motivasi dan memberikan gambaran tentang dunia industri dan menyampaikan materi dengan judul “Magang sebagai Bekal Menuju Sukses dalam Dunia Kerja”.
Lokasi magang mahasiswa tersebar di 17 provinsi yang ada di Indonesia. Lima besar provinsi lokasi magang mahasiswa adalah Provinsi Riau, Sumatera Utara, Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat dan Kalimantan Timur. Dengan lokasi magang mahasiswa yang tersebar di 17 Provinsi di Indonesia yang berada di lokasi pusat perkebunan dan kehutanan yang biasanya ada di daerah remote area diharapkan mahasiswa dapat berpartisipasi aktif dalam pengembangan daerah 3 T. Selama mengikuti magang, mahasiswa juga diwajibkan untuk melakukan kegiatan pengabdian masyarakat. Kegiatan pengabdian masyarakat yang bisa dilaksanakan seperti ikut mengajar di sekolah-sekolah, memberikan berbagai kegiatan pemberdayaan masyarakat, atau aktif di kegiatan sosial masyarakat.